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Book synopsis

L'environnement didactique ISee permet une initiation aux techniques et algorithmes de la bioinformatique, comme la recherche de régions codantes dans les génomes. Dans ce contexte, un nouveau module destiné ŕ expliquer les principes de la reconstruction algorithmique d'arbres phylogénétiques a été conçu et développé en Java. Un arbre phylogénétique rend compte de l'émergence des espčces au cours du temps et fait ainsi apparaître leur relation de parenté : deux espčces sont d'autant plus proches qu'elles sont apparues ŕ partir d'une espčce ancestrale commune récente. Le nouveau module présente UPGMA, l'une des méthodes de reconstruction d'arbres phylogénétiques ŕ partir de séquences génomiques d'espčces actuelles. Pour expliquer la méthode de reconstruction, le module affiche la matrice des distances entre les espčces, puis la construction de l'arbre, pas ŕ pas, et ce de maničre interactive. Le module présente aussi les hypothčses de base sur lesquelles repose la méthode de construction et en démontre les limites, ŕ savoir l'hypothčse de l'horloge moléculaire et l'hypothčse que les séquences sont proches. Pour cela il offre trois interfaces, en libre exploration et expérimentation.

Book details

Book category Books in French LITTÉRATURE GÉNÉRALE Essais littéraires

• Full title: Didacticiel de Reconstruction d'Arbres Phylog n tiques
• Author: Annick Chamontin
• Language: French
• Binding: Paperback
• Number of pages: 108
• EAN: 9783841783035
• ISBN: 3841783031
• ID: 06846392
• Publisher: Omniscriptum
• Weight: 168 g
• Dimensions: 229 × 152 × 7 mm
• Date of publishing: 28. February 2018

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